Quand j'ouvre un fichier .xlsx avec excel 2007 c'est très rapide mais si le fichier a une extension .xls, cela devient très lent.

Ceci peut provenir d'une mauvaise association de fichier.

Pour windows XP:
Dans le panneau de configuration ouvre "option des dossiers" puis l'onglet type de fichiers.
Cherche dans la liste .xls (feuille Microsoft Excel 97-2003)
Cllique sur le bouton "avancé".
Dans "application utilisée remplace
"C:\Program FilesMicrosoft OfficeOffice12EXCEL.EXE" /e
par
"C:\Program FilesMicrosoft OfficeOffice12EXCEL.EXE" /e "%1"
en faisant très attention à bien respecter les guillemets doubles autour de %1.
Refait ensuite la même opération pour les fichiers de types xlsx.

Avec Windows Vista,
Panneau de configuration/programmes par défaut/associer un type de fichier ou un protocole à un programme spécifique. Vérifie que l'extension .xls est bien associée à excel.