J'utilise une macro pour supprimer des lignes dont la cellule en colonne A est vide mais certaines ne s'effacent pas.

Excel a la facheuse habitude de garder des traces de précédentes valeurs qui ont été effacées ! D'où le danger, maintes fois signalé ici, de l'utilisation des "UsedRange" et autres "SpecialCell (xlCellTypeLastCell)"
Pour ton cas, cette petite ligne [A:A] = [A:A].Value placée dans ta macro devant celle-ci
Columns("A:A").SpecialCells(xlCellTypeBlanks).EntireRow.Delete
rétablira la situation. Si ce n'est pas le cas c'est que tes lignes vides ne le sont pas et contiennent par exemple des retour chariot invisibles.